单细胞学习总结与反思

单细胞学习进程总结

从单细胞转录组上下游分析流程复现到现在，不知不觉学习单细胞快一年了，那一起总结反思一下学习的过程吧！

23年底熟悉单细胞代码

从去年去年暑假按照推文跑了一遍单细胞上下游分析的流程，到年底一直处在跟着代码都跑不利索的状态。

说来惭愧，在去年年底seurat版本更新的时候，从读取数据到整合各个步骤都要求助同事。。。

然后在V4版本seurat对象的基础上，浅浅的整理了一下V5版本seurat对象的层级结构

在23年快结束的时候，整理了囤代码的小仓鼠学会分析了嘛,反思了一下自己只知道囤积代码，不动脑子跑代码的问题。

24年初单细胞学习进展

在24年初的时候，从家里来中山复工，在办公室斗志满满的写下单细胞学习规划

列下了要学习的课程以及推文，到年中好像也没有全部学习完，有些课程学完可能也忘记了大部分。。。

不过好在有整理推文的习惯，所以也记录下了学习所得，比如啃完了#单细胞基础10讲的全部推文，然后整理了笔记单细胞转录组基础10讲 笔记

后面开始读文献——想从单细胞入门必读5篇cns综述对单细胞基本分析流程有个更详细的了解啦！目前才整理完单细胞RNA-Seq数据分析最佳实践 笔记

单细胞文献阅读与直播分享

从去年开始阅读单细胞文献，并整理文献阅读笔记分享在单细胞天地上——#单细胞实战100次

并且从今年开始直播分享单细胞下游分析的降维聚类分群，分享了一些单细胞文献数据集以及一些小知识点

也开始整理#单细胞常见图表，详细的理解单细胞分析流程的代码及数据，尝试使用不同的方式可视化或者使用ggplot2进行美化

综上所述，个人感觉基本掌握了单细胞基础分析流程，即第一层次降维聚类分群的流程，拿到GEO数据集的单细胞数据能顺利运行进行亚群命名。

单细胞进阶学习计划

所以下半年准备进阶，尝试完整的单细胞文献复现流程！

• 从上游的cellranger流程
• 到下游第一层次降维聚类分群
• 亚群细分以及三大高级分析
• 联合TCGA数据库做生存分析

具体的学习计划如下：

通过马拉松课程巩固基础

所谓基础不牢 地动山摇！越学习单细胞，越发现生信基础知识的重要性！

前段时间已经重新开始学习数据挖掘的课程，发现有很多之前学习过程中遗漏掉的重点内容，所以也重新整理了笔记

之前学习的时候，对于GEO数据挖掘以及TCGA数据分析都是过了一遍视频，现在有分析和学习的需求了，准备好好听一下更新后的课程。重点学习TCGA和单细胞部分内容！

因为准备也掌握一下单细胞上游的cellranger流程，所以要重新捡起来linux基础了，正巧生信入门&数据挖掘线上直播课7月班里面有linux基础和转录组上下游分析的内容。所以也要好好学习一下生信入门班的课程！

学习文献复现流程

咱们菜鸟团的小编，最近在生信技能树分享单细胞文献复现的流程，所以准备跟着学习一下！

目前分享了两篇文献复现的内容：

一篇是胃癌的，我也整理了对应的文献阅读笔记——人类胃癌(GC)器官特异性转移的转录异质性

一篇是肺腺癌的，文献阅读笔记分享在——单细胞测序+空间转录组描绘从癌前病变到浸润性肺腺癌的动态演变

视频分享在生信技能树 jimmy的B站账号里面：

如果大家想一起学习一下单细胞完整分析流程，可以通过单细胞文献复现月更交流群（门票99哦）了解一下!

下半年一起努力学习单细胞呀，不要怕前路漫漫，行则将至！