源自CNS，通过单纯形图说明细胞分化潜力

分享一个 R 软件包，可创建单纯形图，显示单细胞和由细胞簇表示的终端之间的相似性。RNA 速率可以作为另一层信息添加。这个包就是CytoSimplex。对于 Python 用户，研究人员开发了一个 Python 包CytoSimplex可以提供相同的功能。

该软件包使用单纯重心坐标方法来帮助探索选定细胞簇之间的单个细胞之间的相似性。研究人员将多个（2-4）个选定的簇或簇组表示为顶点。然后计算每个单细胞与每个顶点的平均点之间的相似度。通过将每个单细胞与所有指定顶点之间的相似度标准化为单位和，可以导出每个单细胞的重心坐标。研究人员开发了二元（两端线）、三元（等边三角形，ggtern包也可）和四元（四面体）单纯形的可视化方法。

主要绘图函数分别为plotBinary()、plotTernary()和 plotQuaternary()。请参阅带有?plotBinary、?plotTernary 和?plotQuaternary的完整参数文档。

R/Python版本：https://welch-lab.github.io/CytoSimplex/articles/CytoSimplex.html，https://github.com/welch-lab/pyCytoSimplex

参考文献：Matsushita, Y., Liu, J., Chu, A.K.Y. et al. Bone marrow endosteal stem cells dictate active osteogenesis and aggressive tumorigenesis. Nat Commun 14, 2383 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-38034-2

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